串級控制系統的投運，且前較為普遍的是采用先投副回路、后投主回路的投運方法。這是因為在一般情況下，系統的主要干擾包含在副回路中，且副回路反應快、滯后小，如果副回路先投入自動，把副變量穩定，這時主變量就不會產生大的波動，主回路再投運就比較容易了。另外，從主、副兩臺調節器的聯系上看， 主調節器的輸出是副調節器的設定值，而副調節器的輸出直接去控制調節閥，因此先投副回路，再投主回路，從系統結構上看也是合理的。
串級控制系統投運步驟
①主、副調節器都置于手動位置，先用副調節器進行手動操作；
②副回路比較平穩后，把副調節器切入自動；
③副回路比較平穩后，手動操作把主調節器的輸出凋整在與副控制器給定值相適應的數值上，把副調節器切入串級；
④手動操作主調節器，使主變量接近于其設定值并待其比較平穩后，把主控制器切入自動。
上述投運方法稱為二步投運法，此外還有主、副回路一次投運的一步投運法。二步投運法適用于主、副回路均要求波動較小，以及有無擾動切換要求的場合；一步投運法適用于副回路允許波動較大的場合。
在目前的DCS系統組態串級控制系統時，一般都可選擇主調節器的輸出在副回路投入串級之前自動跟蹤副回路的給定值，這使串級控制系統的投用以及操作方式切換都更加方便。
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